Iñaki Alberdi desarrolla su labor pedagógica principalmente en la Escuela Superior de Música de Catalunya, Esmuc y en el Centro Superior de Música del País Vasco, Musikene.

En este último es donde con mayor intensidad lleva a cabo un proyecto pedagógico con alumnos de distintos países. Imparte clases de especialidad y de música de cámara y colabora junto con los profesores Aitor Furundarena y Miren Iñarga en el diseño de los contenidos de las distintas asignaturas (transcripción, repentización, pedagogía del acordeón, conjunto instrumental, repertorio y música de cámara).

Durante los últimos años varios de sus alumnos participan en diversos ciclos de conciertos y colaboran con orquestas como la Real Filarmonía de Galicia, Orquesta Sinfónica de Tenerife, Musikene Sinfonietta, Quincena Musical de San Sebastián, Musikaste o Ciclo de Cámara de la Orquesta Sinfónica de Bilbao. 

Algunos de ellos han ganado los principales concursos nacionales e internacionales tales como el Certamen de Arrasate, Concurso Internacional de Klingenthal o Juventudes Musicales de España.

El Centro Superior de Música del País Vasco, mantiene además una estrecha colaboración con los profesores; Vojin Vasovic (Serbia), Matti Rantanen (Finlandia), Owen Murray (Reino Unido) y Max Bonnay (Francia), de forma que imparten asiduamente cursos de perfeccionamiento.

Iñaki Alberdi imparte masterclases frecuentemente en la Hoschschule für Musik Würzburg, Academia Sibelius de Helsinki y Royal Academy of Music of London, así como en distintos festivales internacionales en las ciudades de Kragujevac (Serbia), Tampere y Kokkola (Finlandia), Burdeos y Baiona (Francia) o Andorra.